藥物發(fā)現領(lǐng)域具有豐富的公開(kāi)資源,利用人工智能技術(shù)從大數據中挖掘重要信息并構建結構化的知識體系,是人工智能技術(shù)在藥物信息領(lǐng)域中重要的應用場(chǎng)景之一。英飛智藥致力于將先進(jìn)的人工智能和計算模擬技術(shù)應用于創(chuàng )新藥研發(fā),以數據、專(zhuān)家和技術(shù)為核心驅動(dòng),打造實(shí)用的創(chuàng )新藥物研發(fā)平臺——PharmaMind?。該系統針對實(shí)際新藥研發(fā)中的多種應用場(chǎng)景,開(kāi)發(fā)和整合多個(gè)底層AI藥物研發(fā)模塊,能夠依據實(shí)際業(yè)務(wù)需求進(jìn)行多種工作流程適配。
本次上線(xiàn)的PharmaMind?客戶(hù)端V3.0版本主要集成了基于人工智能技術(shù)開(kāi)發(fā)的化學(xué)結構圖像識別提取系統(MolMiner),用于高效地從相關(guān)資料中獲取高質(zhì)量的化學(xué)結構信息。非常期待大家的關(guān)注與建議!下面介紹目前版本的一些功能。

便捷注冊
PharmaMind?目前完全免費使用,大家可以登錄英飛官網(wǎng)下載和安裝客戶(hù)端(http://www.iipharma.com.cn),客戶(hù)端支持Windows和Mac操作系統。在注冊成功后,可以通過(guò)賬戶(hù)名/密碼和手機號/短信驗證碼兩種方式登錄,也歡迎企業(yè)用戶(hù)聯(lián)系我們(service@iipharma.cn)獲取企業(yè)賬戶(hù)。
快速攫取
創(chuàng )建一個(gè)新項目后,隨即可點(diǎn)擊或拖動(dòng)pdf文件輕松上傳,工具將自動(dòng)進(jìn)行檢測與識別,如下圖所示,上傳一個(gè)含有429個(gè)分子的PDF文檔,完成整個(gè)識別過(guò)程僅約30 s。支持識別過(guò)程中對已完成識別的分子進(jìn)行實(shí)時(shí)查看。當pdf文檔頁(yè)數較多時(shí),無(wú)需等待很久就可以反饋已完成的結果,讓整個(gè)收集工作高效流暢。

圖1 上傳pdf演示
交互修改
我們上傳的資料中有時(shí)一份文獻中可能會(huì )出現重復的分子(如相同的反應物、中間體等),或者在藥學(xué)相關(guān)專(zhuān)利中我們僅需要獲取有生物活性的分子結構等等,需要使用一些必要的交互功能:
1)友好交互的分子編輯界面—MolMiner在分子編輯頁(yè)面右側集成了便捷的分子編輯器,可供使用者對識別結果進(jìn)行修改或調整等操作,完成修改后可單分子以多形式導出,亦或是保存直至全部分子瀏覽修改完畢,一鍵全部導出;在分子編輯頁(yè)面左側,MolMiner集成了pdf瀏覽器的部分功能,我們可以直接單擊想要編輯的分子,右側編輯欄也會(huì )直接跳轉到選定的分子供使用者進(jìn)行編輯操作;

圖2 分子編輯器操作展示
2)有些資料中的分子坐標附近可能會(huì )有一些噪聲(如邊框、底色、文本、符號等)影響算法的精度,此時(shí)我們可直接在分子編輯頁(yè)面左側對原圖進(jìn)行刪除操作,也可以進(jìn)行框選重新檢測操作;

圖3 分子矯正操作展示
3)有時(shí)候需要對一張圖片上的多個(gè)分子進(jìn)行快速識別和分析,不希望他們被單獨分開(kāi)(增加操作的復雜性),我們支持一鍵多圖識別的操作提高關(guān)聯(lián)分子之間的空間耦合性。

圖4 一鍵識別多分子操作展示
截圖識別
除了上傳pdf文檔中的分子外,當前版本的PharmaMind還增加了截圖識別功能。我們可以通過(guò)默認或自設快捷鍵,框選截取感興趣的分子進(jìn)行識別,截圖識別的分子除了可以導出外,也可以收藏至所預設的項目下,方便之后的查閱與檢索。

圖5 截圖識別操作展示
以上是MolMiner當前版本的功能。目前在我們嚴格的測試下,該工具的識別精準度大大優(yōu)于目前所有的開(kāi)源OCSR的工具,同時(shí)每張圖片識別速度大約在50毫秒。當然,MolMiner目前也存在著(zhù)很多需要繼續提高的地方,歡迎廣大用戶(hù)多提寶貴需求與建議。您的需求與建議是我們不斷完善MolMiner的動(dòng)力。
關(guān)于智藥大腦
PharmaMind??是集成人工智能和計算模擬設計技術(shù)的創(chuàng )新藥物研發(fā)平臺。目前針對實(shí)際新藥研發(fā)中的多種應用場(chǎng)景,開(kāi)發(fā)和整合多個(gè)底層計算設計模塊,能夠依據實(shí)際業(yè)務(wù)需求進(jìn)行多種工作流程適配,推薦滿(mǎn)足用戶(hù)定制需求的高潛力分子。PharmaMind??目前已經(jīng)發(fā)布了兩個(gè)內部用于新藥研發(fā)的版本。經(jīng)過(guò)實(shí)際用戶(hù)場(chǎng)景的內部打磨,PharmaMind V3.0開(kāi)始對外發(fā)布實(shí)用的功能模塊。MolMiner是PharmaMind的對外發(fā)布的第一個(gè)模塊,后續會(huì )發(fā)布更多實(shí)用模塊在未來(lái)的版本中。目前正在部署基于靶標口袋結構的三維分子原位生成模塊MolBuilder, 基于A(yíng)I數據模型結合物理探索口袋中的所有分子解空間,為突破分子骨架限制創(chuàng )造了無(wú)限的可能,可專(zhuān)用于First-in-Class新藥設計。
關(guān)于英飛智藥
北京英飛智藥科技有限公司(以下簡(jiǎn)稱(chēng)“英飛智藥”), 于 2019 年 6 月正式運營(yíng),是一家以創(chuàng )新藥物為目標,以人工智能為驅動(dòng)的初創(chuàng )公司。英飛智藥技術(shù)源于北京大學(xué)團隊近 30 年研發(fā)技術(shù)積累的轉化,團隊曾于 2015 年發(fā)表國內第一篇 AI 藥物設計論文,在 AI 制藥領(lǐng)域一直處于技術(shù)引領(lǐng)者的地位,尤其擅長(cháng)于First-in-Class藥物的源頭創(chuàng )新。英飛智藥在新藥研發(fā)中充分利用并持續發(fā)展全球領(lǐng)先的 AI 藥物發(fā)現技術(shù),打造自主知識產(chǎn)權的 AI+新藥研發(fā)平臺——智藥大腦TM。智藥大腦是集頂級專(zhuān)家人才、一流AI+新藥研發(fā)平臺、前沿藥物設計方法一體的藥物發(fā)現系統。依托于智藥大腦平臺,英飛智藥擁有業(yè)界領(lǐng)先的候選藥開(kāi)發(fā)成功率,致力于高效批量開(kāi)發(fā)First-in-Class 創(chuàng )新藥物品種,同時(shí)也為醫藥企業(yè)的新藥研發(fā)提供先進(jìn)的技術(shù)服務(wù)和解決方案。